مجموعه نسخه های خطی کتابخانه سید محمدحسین خبره فرشچی از جمله مجموعه های نفیس و مهمی است که زینت بخش گنجینه نسخ خطی سازمان اسناد و کتابخانه ملی جمهوری اسلامی ایران است.
فهرست نسخه های خطی کتابخانه سید محمدحسین خبره فرشچی (در کتابخانه ملی ایران) با تحقیق و تدوین دکتر علی صادق زاده وایقان و با همکاری فریبا اسماعیلی در سال 1393 از سوی سازمان اسناد و کتابخانه ملی جمهوری اسلامی ایران منتشر شده است.